По Материалам V Всероссийской научной конференции
с международным участием
«Водоросли: проблемы таксономии, экологии
и использование в мониторинге»,
посвященной памяти Веры Ивановны Есыревой (Нижний Новгород)


Современные подходы к изучению водорослей:
ДНК-баркодинг и ДНК-таксономия 

The current approaches to the study of algae:
DNA barcoding and DNA taxonomy

 

Темралеева А.Д.1, Кривина Е.С.1, Букин Ю.С.2

Anna D. Temraleeva, Elena S. Krivina, Yury S. Bukin

1ФИЦ «Пущинский научный центр биологических исследований РАН» (Пущино, Россия)
2Лимнологический институт СО РАН (Иркутск, Россия)

 

УДК 57.065+582.263

 

Понимание невозможности разграничения видов водорослей на основе морфологических признаков пришло с развитием технологии секвенирования ДНК, которая на сегодняшний день является необходимым инструментом для определения границ видов и проверки традиционных видовых концепций. В статье рассматриваются популярные подходы к идентификации видов (ДНК-баркодинг) и описанию новых и ревизии известных видов (ДНК-таксономия) с помощью молекулярно-генетических методов. Приводятся требования и ограничения в их работе, а также примеры филогенетического анализа зеленых водорослей клад Moewusinia и Parachlorella, включая род Micractinium.

Ключевые слова: водоросли; морфология; филогения; делимитация видов; полифазный подход

 

ДНК-баркодинг представляет собой инструмент идентификации видов, в то время как задача ДНК-таксономии сводится к описанию новых и ревизии известных видов с помощью молекулярно-генетических методов. Оба понятия, хотя и разные, неразрывно связаны друг с другом.

К ДНК-баркоду имеется ряд требований:

  • успешность амплификации.

Так, например, пластидный ген rbcL имеет сложности с амплификацией, в отличии от пластидного гена tufA. Ген nifH не является универсальным ДНК-баркодом, т.к. не амплифицируется у безгетероцитных цианобактерий;

  • эффективность разделения видов.

Необходимое условие для четкого разграничения видов – превышение межвидовой изменчивости над внутривидовой. Однако среди близкородственных видов внутри- и межвидовые генетические дистанции часто перекрываются;

  • возможность сравнения с ваучерными и другими последовательностями.

Ревизии многих групп водорослей затруднены отсутствием как типового референсного материала (штаммов, нуклеотидных последовательностей), так и скудной наполненностью генетических баз данных в отношении разнообразия и биогеографии;

  • легкое выравнивание, т.е. ДНК-баркод должен иметь мало вставок-делеций для облегчения выравнивания. Этому условию максимально удовлетворяют белок-кодирующие последовательности.

Еще одно требование к ДНК-баркоду, связанное с его длиной, постепенно теряет свою актуальность с развитием технологий высокопроизводительного секвенирования 3-го поколения, продуцирующего «длинные чтения», например, нанопоровое секвенирование Oxford Nanopore Technologies или одномолекулярное секвенирование в реальном времени Pacific Biosciences.

Поскольку водоросли представлены различными филогенетическими таксонами, применение единого универсального ДНК-баркода для их идентификации сложно осуществимо. Так, для ДНК-баркодинга цианобактерий используется ген 16S рРНК и спейсер 16S-23S ITS; для зеленых водорослей – 18S рРНК, ITS1, ITS2, rbcL, tufA; для желто-зеленых, диатомовых и эустигматофитовых водорослей – 18S рРНК и rbcL; для красных и бурых водорослей предпочтительнее митохондриальный ген COX1 и т.д. Использование консервативных рибосомальных генов 16S рРНК для прокариот и 18S рРНК для эукариот, как правило, приводит к недооценке истинного количества видов цианобактерий и водорослей, т.е. служит для идентификации надродовых таксонов. Дополнительные более вариабельные ДНК-баркоды, например, внутренние транскрибируемые спейсеры, относятся к филогенетическим маркерам видового уровня, однако они могут иметь внутригеномные вариации, которые затрудняют разделение видовых и популяционных границ. Использование пластидных и митохондриальных маркеров приводит к более четким разрывам между межвидовой дивергенцией и внутривидовой изменчивостью (Palumbi et al., 2001). Хотя однолокусный анализ подходит для быстрой, недорогой и масштабной оценки видового разнообразия, были высказаны опасения по поводу точности определения границ видов по одному маркеру. Сохранение предкового полиморфизма и неполной сортировки клонов, особенно на ранних стадиях видообразования, может привести к тому, что разные нейтральные локусы будут иметь разные генные деревья, которые могут не отражать процесс видообразования. Кроме того, сетчатые эволюционные процессы, такие как гибридизация и интрогрессия, останутся незамеченными при однолокусном подходе (Leliaert et al., 2014). Поэтому прогрессивный подход к идентификации предполагает использование одновременно более консервативных маркеров для определения таксонов высокого ранга (отдел, класс, порядок, семейство) и вариабельных маркеров – для идентификации организмов на уровне рода, вида, популяции.

Таким образом, технология ДНК-баркодинга подразумевает наличие эффективных ДНК-баркодов, удовлетворяющего вышеописанным требованиям, и установленных границ для таксонов различного ранга. При этом ДНК-баркодинг имеет ограничения при работе с эволюционно молодыми видами (Hebert, Gregory, 2005).

В целом есть несколько популярных методов для проведения анализа видовых границ (делимитации видов) по молекулярно-генетическим признакам:

1. Вычисление межвидовых генетических дистанций, мерой которых является процент несовпадений нуклеотидов при попарном сравнении выровненных последовательностей. При этом межвидовые различия должны существенно превышать внутривидовую изменчивость. Расчитывают как попарные дистанции (p-дистанции) или К2P дистанции, так и проводят автоматизированный поиск межвидовых интервалов (Automatic Barcode Gap Discovery, ABGD) – современный метод молекулярного разделения видов, который на основе анализа попарных дистанций объединяет исследуемые последовательности в вероятные группы видового уровня. При этом учитывается разница между внутри- и межвидовой изменчивостью путем поиска интервала между всеми внутривидовыми и межвидовыми дистанциями (barcode gap) без использования первоначальной видовой гипотезы (Puillandre et al., 2012). Следует учесть, что с расширением выборки нуклеотидных последовательностей, с увеличением географического охвата отбора проб, разрывы штрихкодирования (barcoding gap) обычно исчезают.

2. Поиск компенсаторных замен (CBC) в консервативных регионах ITS2, наличие хотя бы одной CBC коррелирует с половой несовместимостью (Coleman, 2009). При этом данная закономерность не имеет обратного действия: отсутствие замен не свидетельствует о принадлежность особей к одному виду (Müller et al., 2007; Alverson, 2008; Caisová et al., 2011, 2013; Leliaert et al., 2014). 

3. Поиск, классификация образцов и идентификация таксонов с использованием коалесцентных подходов: PTP (Poisson Tree Processes) и GMYC (Generalized Mixed Yule Coalescent). Модель пуассоновских процессов, связанных с деревьями (PTP), определяет предполагаемые границы между видами с входным филогенетическим деревом, полученным в анализе максимального правдоподобия (Zhang et al., 2013). Обобщенная смешанная модель Юла с учетом целостности видов (GMYC) опирается на предположение о монофилии вида и исключает горизонтальный перенос генов (Pons et al., 2006). Используя готовое ультраметрическое филогенетическое древо, этот метод обнаруживает скачок в частоте событий ветвления. Все ветви после этого порогового значения отражают внутривидовые процессы, тогда как ветви до него выражают таксономические отношения более высокого порядка. Этот метод не требует формулировки изначальной гипотезы и может быть использован в тех случаях, когда не хватает данных не только о положении образца в существующей систематике, но и когда положение того или иного таксона определено недостаточно точно либо имеется неполное описание определённого вида.

Итогом алгоритмов делимитации ABGD, GMYC, PTP являются молекулярные оперативные таксономические единицы (molecular phylogenetic taxonomic units, MOTUs), которые некорректно отождествлять с отдельными видами, поскольку по сути они представляют собой монофилетические клады неопределенного ранга. Тем не менее, они могут являться потенциальными видами, подтвердить которые необходимо другими признаками: морфологическими, цитологическими, экологическими, наличием особенностей во вторичной структуре спейсеров, компенсаторных замен, определенных мотивов, интронов и др.

Собственные результаты филогенетического анализа зеленых водорослей клад Moewusinia, Parachlorella, включая род Micractinium, приведены ниже. Так, была оценена возможность таксономического разграничения некоторых родов зеленых водорослей, принадлежащих кладе Moewusinia, на основе морфологической идентификации и ДНК-анализа. Были обнаружены уникальные сочетания морфологических признаков, отличающие некоторых представителей клады друг от друга на уровне рода и вида, например, большой размер вегетативных клеток (до 150 мкм) и зрелых многоядерных клеток со звездчатым хлоропластом для рода Actinochloris; средний размер вегетативных клеток (до 40 мкм), одиночные зрелые клетки преимущественно с полым пристенным хлоропластом для рода Chlorococcum; небольшой размер вегетативных клеток (до 20 мкм), образующих тетраэдрические и изобилатеральные тетрады, изоконтные зооспоры для рода Eubrownia; тетраэдрические тетрады и анизоконтные зооспоры для рода Heterotetracystis; средний размер вегетативных клеток (до 40 мкм), образующих тетраэдрические и изобилатеральные тетрады, зрелые клетки с губчатым хлоропластом для рода Spongiococcum. Морфологическое различие между близкородственными видами рода Chlorococcum было незначительным, за исключением C. costatozygotum, имеющего чашевидный хлоропласт с глубокими разрезами. По сравнению с другими видами Eubrownia, E. isobilateralis и E. aggregata отличались устойчивыми клеточными агрегатами и яйцевидными зооспорами. У S. aplanosporum были зооспоры цилиндрической формы со срединно-передним положением стигмы в отличие от S. tetrasporum. Первичная идентификация водорослей клады Moewusinia и предположительные видовые гипотезы были подтверждены молекулярно-генетическим анализом 18S рРНК гена и первичной и вторичной структурой ITS2. Большинство генетических групп (потенциальных видов), обнаруженных с помощью методов делимитации видов GMYC, ABGD, PTP-анализа 18S рРНК гена и ITS2, соответствовали их морфологической идентификации. Установлено, что ITS2 родов Eubrownia, Heterotetracystis и Chlorococcum является одним из самых длинных среди исследованных до сих пор зеленых водорослей и имеет уникальную вторичную структуру с раздвоенной третьей спиралью. Были обнаружены молекулярные «подписи» в первой шпильке ITS2, отличающие все три рода. CBC подход позволил эффективно различить виды E. isobilateralis и E. aggregata, а также все виды рода Chlorococcum, за исключением C. infusionum и C. echinozygotum. Анализ GMYC 18S рРНК гена выявил больше MOTUs (потенциальных видов), так же как анализ PTP для последовательностей ITS2. Единственным алгоритмом, который всегда устанавливал одинаковые генетические группы для двух маркеров, являлся ABGD, учитывающий разницу между внутри- и межвидовой изменчивостью путем поиска разрыва между всеми внутривидовыми и межвидовыми дистанциями без использования первоначальной видовой гипотезы, в то время как анализы PTP и GMYC генерировали различное количество потенциальных видов для разных молекулярных маркеров (18S рРНК и ITS2). Таким образом, мы подтвердили предварительные гипотезы видов, полученные при морфологическом анализе, с помощью современных методов делимитации на основе ДНК, характерными молекулярными «подписями», уникальной вторичной структурой ITS2 и наличием компенсаторных замен в консервативных регионах ITS2.

На сегодняшний день в составе клады Parachlorella описано c применением совокупности морфологических и молекулярно-генетических методов всего 12 родов и около 20 видов, но по результатам проведенной делимитации видов ее истинное видовое и родовое богатство оказалось существенно выше – не менее 20 родов и 46 видов (Krivina et al., 2021). К диакритическим морфологическим признакам, обеспечивающим таксономическое разделение микроводорослей внутри клады можно отнести размер и форму молодых и взрослых клеток, способ крепления клеток к гиалиновым тяжам, диаметр колоний, наличие и толщина слизи, тип хлоропласта, наличие и количество пиреноидов. Дополнительной экологической характеристикой также может служить специфическое местообитание, например, болота или поверхность почвы. По итогам анализа генетических дистанций нуклеотидных последовательностей 18S–ITS1–5.8S–ITS2 можно предположить, что внутривидовые различия, как правило, находятся в пределах 0–0,2%, межвидовые – в пределах 0,4–2,6%, межродовые – 1,2–4,2%. Наличие/отсутствие интрона может являться вспомогательным эффективным инструментом для разделения близкородственных видов некоторых групп. Таксономически признанные виды родов клады Parachlorella практически никогда не подтверждались СВС-критерием по концепции A. Coleman, и только дополнительное использование СВС в ITS1 и в неконсервативных регионах ITS2 помогало разграничить виды. В качестве молекулярной «подписи» видов рода Parachlorella можно рассматривать мотив, расположенный сразу после вершины III шпильки ITS1: для P. kessleri – мотив GCUG, для P. beijerinckii – AGCC, для P. hussii – GAAA. Использованные алгоритмы делимитации видов имели различные результаты по количеству выделенных кластеров потенциально видового уровня: дистанционный метод ABGD являлся менее «чувствительным» и выделил 24 кластера, в то время как более совершенные топологические алгоритмы GMYC и PTP – 57 и 55 кластеров соответственно. На наш взгляд, GMYC и PTP более реалистично отражают систематику клады Parachlorella, и лучше согласуются с другими дополнительными признаками.

Филогенетический анализ рода Micractinium показал его высокое криптическое разнообразие. Примененные алгоритмы делимитации видов имели различные результаты по количеству выделенных кластеров потенциально видового уровня. Метод ABGD, основанный на дистанциях, был менее «чувствительным». Алгоритмы, основанные на анализе топологии филогенетического дерева, GMYC и PTP, более реалистично отражали систематику рода Micractinium, являясь эффективным вспомогательным инструментом для разграничения видов. Кластеризация, полученная двумя последними методами, хорошо согласовывалась с такими морфологическими признаками, как размеры и форма клеток, способность формировать колонии, продуцирование щетинок, тип хлоропласта, и была также поддержана физиологическими свойствами (потребность в витаминах, реакция на воздействие высоких и низких температур), а также молекулярно-генетическими характеристиками (наличие интронов и их длина, уровень генетических различий, наличие СВС или характерных особенностей вторичной структуры в ITS1 и ITS2), и экологическими особенностями обитания. Показана полифилетичность типового вида рода Mpusillum, а также Mbelenophorum. Интрон был эффективен как вспомогательный инструмент для разграничения видов, однако его необходимо учитывать исключительно в совокупности с другими признаками. Применение СВС-подхода, основанного на поиске компенсаторных замен в консервативных регионах ITS2, было успешным только для отграничения криптических видов от «истинных» представителей Mpusillum, в остальных случаях CBC-критерий не работал. Поэтому при разграничении видов рода Micractinium эффективнее учитывать все СВС в ITS1 и ITS2 и анализировать характерные структурные различия во вторичной структуре внутренних транскрибируемых спейсеров, которые можно рассматривать в качестве молекулярных «подписей». Анализ генетических дистанций нуклеотидных последовательностей 18S–ITS1–5.8S–ITS2 показал, что внутривидовые различия у представителей рода колебались в пределах 0–0,5%, межвидовые – 0,6–4,7%. Благодаря полифазному подходу удалось охарактеризовать 29 кластеров и филогенетических линий видового уровня в рамках рода Micractinium, выдвинуть предположения о видах внутри выделенных групп и описать новый для науки вид – Mkostikovii (Krivina et al., 2021).

Таким образом, ДНК-баркодинг должен стать быстрой и рутинной технологией, используемой большинством специалистов-альгологов, в то время как описание новых таксонов и ревизии уже описанных отличается от ДНК-баркодинга гораздо более сильной доказательной базой и должны проводиться систематиками. Учитывая значительное количество неописанных и криптических видов во многих группах водорослей, любой маркер, выбранный в качестве ДНК-баркода, должен подходить не только для видовой идентификации, но и также для определения границ и описания видов.

Исследование выполнено в рамках государственного задания ФИЦ ПНЦБИ РАН (тема №121040800126-5).

Авторы заявляют об отсутствии конфликта интересов, требующего раскрытия в данной статье.

 

Список литературы

  1. Alverson A.J. Molecular systematics and the diatom species // Protist. 2008. V. 159. P. 339–353. DOI – https://doi.org/10.1016/j.protis.2008.04.001.
  2. Caisová L., Marin B., Melkonian M. A close-up view on ITS2 evolution and speciation – a case study in the Ulvophyceae (Chlorophyta, Viridiplantae) // BMC Evolutionary Biology. 2011. V. 11. P. 262. DOI – https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-262.
  3. Caisová L., Marin B., Melkonian M. A consensus secondary structure of ITS2 in the Chlorophyta identified by phylogenetic reconstruction // Protist. 2013. V. 164. P. 482–496. DOI – https://doi.org/10.1016/j.protis.2013.04.005
  4. Coleman A.W. Is there a molecular key to the level of “biological species” in eukaryotes? A DNA guide // Molecular Phylogenetics and Evolution. 2009. V. 50. P. 197–203. DOI – https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.10.008.
  5. Hebert P., Gregory T.R. The promise of DNA barcoding for taxonomy // Systematic Biology. 2005. V. 54, № 5. P. 852–859. DOI – https://doi.org/10.1080/10635150500354886.
  6. Krivina E.S., Temraleeva A.D., Bukin Y.S. Species Delimitation and Cryptic Diversity Analysis of Parachlorella-Сlade Microalgae (Chlorophyta) // Microbiology. 2021. V. 90. P. 455–469. DOI – https://doi.org/10.1134/S0026261721040081
  7. Krivina E.S., Temraleeva A.D., Sinetova M.A. New species Micractinium kostikovii (Chlorellaceae, Trebouxiophyceae) from Russia // Phycological Research. 2021. DOI – https://doi.org/10.1111/pre.12469
  8. Leliaert F., Verbruggen H., Vanormelingen P., Steen F., López-Bautista J.M., Zuccarello G.C., De Clerck O. DNAbased species delimitation in algae // European Journal of Phycology. 2014. V. 49, № 2. P. 179–196. DOI: https://doi.org/10.1080/09670262.2014.904524.
  9. Müller T., Philippi N., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. Distinguishing species // RNA. 2007. V. 13. P. 1469–1472. DOI: https://doi.org/10.1261/rna.617107.
  10. Palumbi S.R., Cipriano F., Hare M.P. Predicting nuclear gene coalescence from mitochondrial data: the three-times rule // Evolution. 2001. V. 55. P. 859–868. DOI: https://doi.org/10.1554/0014-3820(2001)055[0859:PNGCFM]2.0.CO;2.
  11. Pons J., Barraclough T.G., Gomez-Zurita J., Cardoso A., Duran D.P., Hazell S., Kamoun S., Sumlin W.D., Vogler A.P. Sequence-based species delimitation for the DNA taxonomy of undescribed insects // Systematic Biology. 2006. V. 55, № 4. P. 595–609. DOI: https://doi.org/10.1080/10635150600852011.
  12. Puillandre N., Lambert A., Brouillet S., Achaz G. ABGD, Automatic Barcode Gap Discovery for primary species delimitation // Molecular Ecology. 2012. V. 21. P. 1864–1877. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2011.05239.x. 
  13. Zhang J., Kapli P., Pavlidis P., Stamatakis A. A general species delimi-tation method with applications to phylogenetic placements // Bioinformatics. 2013. V. 29. P. 2869–2876. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt499.

Статья поступила в редакцию 20.06.2021
После доработки 14.10.2021

Статья принята к публикации 20.10.2021

 

Об авторах

Темралеева Анна Диссенгалиевна – Anna D. Temraleeva

кандидат биологических наук
старший научный
сотрудник, ФИЦ «Пущинский научный центр биологических исследований РАН», Пущино, Россия (Federal Research Center “Pushchino Scientific Center for Biological Research of the Russian Academy of Sciences”, Pushchino, Russia); руководитель группы «Альгологическая коллекция ACSSI»

temraleeva.anna@gmail.com

Кривина Елена Сергеевна – Elena S. Krivina

кандидат биологических наук
и.о. научного сотрудника, ФИЦ «Пущинский научный центр биологических исследований РАН», Пущино, Россия (Federal Research Center “Pushchino Scientific Center for Biological Research of the Russian Academy of Sciences”, Pushchino, Russia); группа «Альгологическая коллекция ACSSI»

pepelisa@yandex.ru

Букин Юрий Сергеевич – Yury S. Bukin

кандидат биологических наук
старший научный сотрудник, ФГБУН «Лимнологический институт Сибирского отделения РАН», Иркутск, Россия (Limnological institute of the Siberian Branch of the RAS, Irkutsk, Russia)

bukinyura@mail.ru

Корреспондентский адрес: 142290, Россия, г. Пущино, пр-т Науки, 3, ФИЦ ПНЦБИ РАН; тел. (496)773-86-33.

 

ССЫЛКА:

Темралеева А.Д., Кривина Е.С., Букин Ю.С. Современные подходы к изучению водорослей: ДНК-баркодинг и ДНК-таксономия // Вопросы современной альгологии. 2021. № 2 (26). P. 124–130. URL: http://www.algology.ru/1701

DOI – https://doi.org/10.33624/2311-0147-2021-2(26)-124-130


При перепечатке ссылка на сайт обязательна

Уважаемые коллеги! Если Вы хотите получить версию статьи в формате PDF, пожалуйста, напишите в редакцию, и мы ее вам с удовольствием пришлем бесплатно. 
Адрес - info@algology.ru

 

 

The current approaches to the study of algae: DNA barcoding and DNA taxonomy

Anna D. Temraleeva1, Elena S. Krivina1, Yury S. Bukin2

1Federal Research Center ‘Pushchino Scientific Center for Biological Research of RAS
(Pushchino, Russia)
2Limnological Institute of the Siberian Branch of RAS
(
IrkutskRussia) 


The understanding of the impossibility of distinguishing algal species based on morphological features came with the development of DNA sequencing technology, which today is a necessary tool for defining species boundaries and testing traditional species concepts. The paper discusses popular approaches to species identification (DNA barcoding) and the description of new and revision of known species (DNA taxonomy) using molecular genetic methods. The requirements and limitations in their work are given, as well as examples of phylogenetic analysis of green algae from the clade Moewusinia and Parachlorella, including the genus Micractinium.

Keywords: algae; morphology; phylogeny; species delimitation; polyphasic approach

 

References

  1. Alverson A.J. Molecular systematics and the diatom species. Protist. 2008. V. 159. P. 339–353. DOI: https://doi.org/10.1016/j.protis.2008.04.001.
  2. Caisová L., Marin B., Melkonian M. A close-up view on ITS2 evolution and speciation – a case study in the Ulvophyceae (Chlorophyta, Viridiplantae). BMC Evolutionary Biology. 2011. V. 11. P. 262. DOI: https://doi.org/10.1186/1471-2148-11-262.
  3. Caisová L., Marin B., Melkonian M. A consensus secondary structure of ITS2 in the Chlorophyta identified by phylogenetic reconstruction. Protist. 2013. V. 164. P. 482–496. DOI: https://doi.org/10.1016/j.protis.2013.04.005
  4. Coleman A.W. Is there a molecular key to the level of “biological species” in eukaryotes? A DNA guide. Molecular Phylogenetics and Evolution. 2009. V. 50. P. 197–203. DOI: https://doi.org/10.1016/j.ympev.2008.10.008.
  5. Hebert P., Gregory T.R.The promise of DNA barcoding for taxonomy. Systematic Biology. 2005. V. 54, № 5. P. 852–859. DOI: https://doi.org/10.1080/10635150500354886.
  6. Krivina E.S., Temraleeva A.D., Bukin Y.S. Species Delimitation and Cryptic Diversity Analysis of Parachlorella-Сlade Microalgae (Chlorophyta). Microbiology. 2021. V. 90. P. 455–469. https://doi.org/10.1134/S0026261721040081
  7. Krivina E.S., Temraleeva A.D., Sinetova M.A. New species Micractinium kostikovii (Chlorellaceae, Trebouxiophyceae) from Russia. Phycological Research. 2021. DOI: https://doi.org/10.1111/pre.12469
  8. Leliaert F., Verbruggen H., Vanormelingen P., Steen F., López-Bautista J.M., Zuccarello G.C., De Clerck O. DNAbased species delimitation in algae. European Journal of Phycology. 2014. V. 49, № 2. P. 179–196. DOI: https://doi.org/10.1080/09670262.2014.904524
  9. Müller T., Philippi N., Dandekar T., Schultz J., Wolf M. Distinguishing species. RNA. 2007. V. 13. P. 1469–1472. DOI: https://doi.org/10.1261/rna.617107
  10. Palumbi S.R., Cipriano F., Hare M.P. Predicting nuclear gene coalescence from mitochondrial data: the three-times rule. Evolution. 2001. V. 55. P. 859–868. DOI: https://doi.org/10.1554/0014-3820(2001)055[0859:PNGCFM]2.0.CO;2
  11. Pons J., Barraclough T.G., Gomez-Zurita J., Cardoso A., Duran D.P., Hazell S., Kamoun S., Sumlin W.D., Vogler A.P. Sequence-based species delimitation for the DNA taxonomy of undescribed insects. Systematic Biology. 2006. V. 55, № 4. P. 595–609. DOI: https://doi.org/10.1080/10635150600852011
  12. Puillandre N., Lambert A., Brouillet S., Achaz G. ABGD, Automatic Barcode Gap Discovery for primary species delimitation. Molecular Ecology. 2012. V. 21. P. 1864–1877. DOI: https://doi.org/10.1111/j.1365-294X.2011.05239.x
  13. Zhang J., Kapli P., Pavlidis P., Stamatakis A. A general species delimi-tation method with applications to phylogenetic placements. Bioinformatics. 2013. V. 29. P. 2869–2876. DOI: https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btt499

 

Authors

Temraleeva Anna D.

ORCID ID – https://orcid.org/0000-0002-3445-0507

Federal Research Center “Pushchino Scientific Center for Biological Research of the Russian Academy of Sciences”, Pushchino, Russia

temraleeva.anna@gmail.com

Krivina Elena S.

ORCID ID – https://orcid.org/0000-0002-0849-5832

Federal Research Center “Pushchino Scientific Center for Biological Research of the Russian Academy of Sciences”, Pushchino, Russia

pepelisa@yandex.ru

Bukin Yury S.

ORCID – https://orcid.org/0000-0002-4534-3846

Limnological institute of the Siberian Branch of the RAS, Irkutsk, Russia

bukinyura@mail.ru

 

ARTICLE LINK:

Temraleeva A.D., Krivina E.S., Bukin Y.S. The current approaches to the study of algae: DNA barcoding and DNA taxonomy. Voprosy sovremennoi algologii (Issues of modern algology). 2021. № 2 (26). P. 124–130. URL: http://www.algology.ru/1701

DOI – https://doi.org/10.33624/2311-0147-2021-2(26)-124-130


When reprinting a link to the site is required

Dear colleagues! If you want to receive the version of the article in PDF format, write to the editor,please and we send it to you with pleasure for free. 
Address - info@algology.ru

 

 

На ГЛАВНУЮ

Карта сайта

 








ГЛАВНАЯ

НОВОСТИ

О ЖУРНАЛЕ

АВТОРАМ

29 номеров журнала

ENGLISH SUMMARY

ОБЗОРЫ И СТАТЬИ

ТЕМАТИЧЕСКИЕ РАЗДЕЛЫ

УЧЕБНО-МЕТОДИЧЕСКИЕ
МАТЕРИАЛЫ


АКВАРИАЛЬНЫЕ СИСТЕМЫ
И  ИХ  СОДЕРЖАНИЕ


КОНФЕРЕНЦИИ

АЛЬГОЛОГИЧЕСКИЙ СЕМИНАР

СТУДЕНЧЕСКИЕ РАБОТЫ

АВТОРЕФЕРАТЫ

РЕЦЕНЗИИ


ПРИЛОЖЕНИЕ к журналу:


ОБЪЕКТЫ ИССЛЕДОВАНИЙ

ОПРЕДЕЛИТЕЛИ И МОНОГРАФИИ

ОТЕЧЕСТВЕННАЯ АЛЬГОЛОГИЯ
СЕГОДНЯ


ИСТОРИЯ АЛЬГОЛОГИИ

КЛАССИКА
ОТЕЧЕСТВЕННОЙ АЛЬГОЛОГИИ


ПУБЛИКАЦИИ ПРОШЛЫХ ЛЕТ

ВЕДУЩИЕ АЛЬГОЛОГИЧЕСКИЕ
ЦЕНТРЫ


СЕКЦИЯ  АЛЬГОЛОГИИ  МОИП

НАУЧНО-ПОПУЛЯРНЫЙ РАЗДЕЛ

СЛОВАРИ И ТЕРМИНЫ



НАШИ ПАРТНЕРЫ


ПРЕМИИ

КОНТАКТЫ



Карта сайта






Рассылки Subscribe.Ru
Журнал "Вопросы современной альгологии"
Подписаться письмом


Облако тегов:
микроводоросли    макроводоросли    пресноводные    морские    симбиотические_водоросли    почвенные    Desmidiales(отд.Сharophyta)    Chlorophyta    Rhodophyta    Conjugatophyceae(Zygnematophyceae)    Phaeophyceae    Chrysophyceae    Диатомеи     Dinophyta    Prymnesiophyta_(Haptophyta)    Cyanophyta    Charophyceae    бентос    планктон    перифитон    кокколитофориды    Экология    Систематика    Флора_и_География    Культивирование    методы_микроскопии    Химический_состав    Минеральное_питание    Ультраструктура    Загрязнение    Биоиндикация    Размножение    Морфогенез    Морфология_и_Морфометрия    Физиология    Морские_травы    Использование    ОПРЕДЕЛИТЕЛИ    Фотосинтез    Фитоценология    Антарктида    Японское_море    Черное_море    Белое_море    Баренцево_море    Карское_море    Дальний_Восток    Азовское_море    Каспийское_море    Чукотское_море    КОНФЕРЕНЦИИ    ПЕРСОНАЛИИ    Bacillariophyceae    ИСТОРИЯ    РЕЦЕНЗИЯ    Биотехнология    Динамические_модели    Экстремальные_экосистемы    Ископаемые_водоросли    Сезонные_изменения    Биоразнообразие    Аральское_море    первичная_продукция    Байкал    молекулярно-генетический_анализ    мониторинг    Хлорофилл_a    гипергалинные_водоемы    сообщества_макрофитов    эвтрофикация    инвазивные_виды    

КОНТАКТЫ

Email: info@algology.ru

Изготовление интернет сайта
5Dmedia

ЛИЦЕНЗИЯ

Эл N ФС 77-22222 от 01 ноября 2005г.

ISSN 2311-0147